Morales probó suerte en su posición de atacante, pero Salah le vio condiciones para jugar un poco más atrasado, como volante por izquierda, y encajó a la perfección, para posteriormente debutar en Primera División con los albiazules, en la campaña 1995-96. Cuando estaba adquiriendo mayor experiencia en el máximo circuito, empezó la crisis financiera en el Club Monterrey. Por esta razón en el Invierno del 98 Morales emigró a las Chivas de Guadalajara en compra definitiva. Trascendió que el equipo rojiblanco pagó 2.5 millones de dólares por su carta.